党委学生工作部（学生处）心理健康教育中心位于北区绿1一楼东侧，是负责实施大学生心理健康教育工作的职能部门。
学校心理健康教育中心于1989年开始面向学生提供心理咨询服务，正式成立于2003年，至今已有30余年历史。心理健康教育中心通过对大学生实施有效的心理健康教育和心理咨询服务，帮助学生排解在学习、生活或成长过程中遇到的烦恼和困扰，增强学生心理素质，发掘学生智力潜能，提高学生适应能力、预防和消除学生心理障碍，促进学生健康成长。
目前，心理健康教育中心共有7名全职人员（其中1人为北京大学援疆干部）与20余名兼职咨询师，为全体在校学生提供心理咨询、发展辅导、团体辅导。中心每一位成员都本着“尊重、理解、真诚、保密”的原则，热忱接待每一位来访者，为全校师生提供服务。
